沈红斌同志出生于1979年8月，长期致力于模式识别、数据挖掘以及生物信息学的研究，一篇研究论文发表在Nature杂志《Nature Protocols》上，在其他国际/国内著名期刊《Bioinformatics》、《Journal of proteome research》、《Biochemical and Biophysical research communications》、《计算机学报》、《软件学报》等上发表学术论文40余篇（含两篇国际期刊综述文章），被SCI收录 34篇，EI收录10篇；SCI 影响因子累计逾90，单篇影响因子6.0以上的论文4篇；共被SCI他人引用221余次，单篇被他人SCI引用超过20次的论文5篇，多篇论文被《Developmental Cell》等国际顶级期刊论文所引用；一篇论文被选作国际著名期刊《Journal of Cellular Biochemistry》封面论文。该同志受邀为国际期刊《Expert Review of Proteomics》撰写综述文章。该同志的文章 “Nuc-PLoc: A new web-server for predicting protein subnuclear localization by fusing PseAA composition and PsePSSM”以及“Review: Recent progresses in protein subcellular location prediction”分别被选为杂志《Protein Engineering, Design and Selection》2007年11月份以及《Analytical Biochemistry》2007年7月-9月最受关注的论文。

沈红斌担任国际期刊《Journal of Biomedical Science and Engineering》编委，长期担任如IEEE Trans. On SMC (part B)，Bioinformatics等18个国内外期刊的审稿专家，担任BIBE07国际学术会议组委会成员。该同志获得2005年度江苏省百篇优秀硕士论文奖，2005年国家优秀奖奖学金，2006年“中国惠普优秀学生奖学金（特别优秀奖）”，2006年上海市、上海交通大学“三好学生”，2007年度上海交通大学优秀毕业研究生等荣誉。2007年1月，受哈佛大学医学院邀请，沈红斌同志赴美从事“基于智能计算的膜蛋白结构分析”等方面的研究。该同志在研究过程中建立了10余个生物信息科学服务网站，在国际上引起了广泛的注意，累计在线服务20,000余次。

研究兴趣

生物信息学、结构生物学、数据挖掘、模式识别、药物辅助设计

研究经历

1997.9-2001.7: 华东船舶工业学院计算机系，学士

2001.9-2004.3: 华东船舶工业学院计算机系，硕士

2004.3-2006.11：上海交通大学图像处理与模式识别研究所，博士；

2004.5-2005.9： Philips东亚研究实验室（上海）访问学者；

2007.1-2008.2： 哈佛大学医学院博士后

2008.2-至今： 上海交通大学副教授（破格晋升）

基金

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Biochemical and Biophysical Research Communications（BBRC）是学术出版社(Academic Press)出版的综合性通讯类生物医学期刊。据历年统计，杂志SCI影响因子（Impact factor）在2.9与3.3之间。其收载论文特点是强调新颖性，即论文研究成果的首创性。尽管是通讯类的杂志，刊发的论文要求数据量并不大，但编委并不因此牺牲论文的完整性。更重要的是，BBRC对非欧美来源的论文还比较友好。
hypoxia就此谈谈BBRC可能的几个拒载原因：
1。论文缺乏新颖性，无新的发现（实验论点重复别人已发表的文献，或经过简单推理就能从已知的国际文献中能推理获得）
2。论文提出的论点不能通过该实验方案所证实（逻辑推理问题，实验方法学理论的欠缺，比如引用陈旧而被证明有欠缺的实验方法）
3。论文数据表达方式不符杂志的质量要求（主要是图表是否另附、是否清晰打印，打印介质是否大小恰当以便印刷，legend是否完整）
4。实验数据量太小（BBRC不成文的下限：分子细胞生物in vitro实验n>3，器官、动物in vivo实验n>6，重复n>3）
5。实验数据的统计处理不恰当（数据统计检验方法是否合适）
6。英文语法错误太多，表达不当（尽管BBRC对英文的要求比其它同等级的杂志要低，论文写出后还是要多参照同类的英文论文修改数次，尽量避免语法错误）。
7。论文的文字格式不符（特别是reference应参照BBRC已出版的论文进行撰写，并确保正确性）

一、教育类：
1.《高教探索》（全国中文核心期刊）；2.《广东教育》月刊综合版；3.《师
道》高考版；
4.《广东第二课堂》5.卫生职业教育
二、农、林、牧：
1中国果树 核心刊物；2.农产品加工；3.肉类加工
三、财经类：
1.审计与经济研究2.财经科学3.财经问题研究4.证券市场导报5.上海经济研究
6.中国改革
7.投资研究8.财会月刊9.上海会计10.经济研究参考11.财政研究12.经济学家
13.经济研究
14.经济科学15.世界经济16.财经研究17.新疆农垦经济18.改革19.中国改革报
?理论周刊
20.经济学消息报21.经济学动态22.决策咨询23.经济评论24.上海保险25.上海
经济研究
26.中国工业经济27.世界经济文汇28.当代经济科学29.经济管理30.管理世界
31..学术交流
32.北方论丛33.管理科学34.金融教学与研究35.《中国经济问题》厦门大学
36.中国国情国力37.《企业研究》38.《企业管理》39.银行家40.统计研究41.
江苏企业管理42.广东商学院学报43.金融理论与实践44.《中国物价》45.武汉
大学的《经济评论》46.《上海财经大学学报》47.《外国经济与管理》。48.
南开经济研究
四、化工、材料、建筑、能源、
1.《材料保护》
2.中国粘结剂：核心
3.电镀与涂饰，核心
4.中国涂料
5.化工技术与开发
6.电镀与环保
7.钢铁钒钛
8.《涂料工业》
9.《化工科技》
10.《绝缘材料》
11.化学建材>>
12.<<节能与环保>>
13.<<电池工业>>
14.<<电源技术>>核心
15.《钢结构》
16.《建筑结构》
17.《施工技术》
18.青岛科技大学学报 （自然科学版）化工
19.化工中间体
20.胶体与聚合物
21.岩土工程技术
22.建筑结构
23.施工技术
24.<现代城市研究〉
五、电子、电器、机械 (全文…)

目前认为肿瘤是一种遗传学和表观遗传学疾病。遗传改变本身并不能解释发生于肿瘤细胞内复杂的异常现象。表观遗传学与遗传学相结合，为更好的阐明所有恶性肿瘤的进展提供了另一种思路[1]。目前，表观遗传学被定义为不依赖DNA序列变化的基因活性的可遗传改变。DNA甲基化和组蛋白修饰是参与基因调控、发育和癌变的两种主要的表观遗传学事件。

DNA甲基化对于维持正常哺乳动物细胞的正确表达模式是必需的，并有利于确保基因组印记的建立和X染色体失活，其中CpG二核苷酸是DNA甲基化的主要位点。而且，重复的基因组序列大量发生甲基化，这样可以阻止由内寄生序列复活产生的染色体易位、基因不稳定和基因破坏，从而保持染色体的完整性[6]。此外，DNA适当的甲基化对某些基因的种系特异性表达（如MAGE家族成员）和组织特异性基因的沉默（如maspin）也是必需的，沉默基因在相应的细胞类型中不表达。

 

有趣的是，DNA甲基化发生于复杂的染色体结构中，而且组蛋白尾的修饰可影响DNA甲基化。现认为组蛋白是基因活性的动态调节因子，它们主要受乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化和SUMO（小分子泛素样修饰体）化等翻译后化学修饰的影响。简言之，某些组蛋白的修饰（如组蛋白乙酰化）与转录活性相关，而另一些修饰（如组蛋白H3第9位赖氨酸的甲基化）提示染色质的聚集与失活。组蛋白密码假说认为染色质特定区域的表达状态取决于组蛋白修饰的特定组合。但是，鉴别所有可能的组合是一项艰巨的任务。而使问题更复杂的是， DNA甲基化与组蛋白修饰以精确的交联作用调控基因表达，这一过程涉及若干不同的蛋白质和复合物。所有这些调节通路更增加了我们所研究的表观遗传学的复杂性。

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杨陵镇车站最新列车时刻表（2009年4月1日启用）

东去列车（宝鸡——西安方向） 车次 列车类型 始发站 始发时间 杨凌 到达时间 杨凌 发车时间 终点站 到达时间 K120 空调快速 兰州 21:58 第2日06:00 06:02 西安 07:02 2653/2656 普快 银川 17:08 第2日06:54 06:57 西安 08:41 2587/2586 普快 银川 17:28 第2日07:29 07:40 西安 08:51 K592 空调快速 敦煌 09:34 第2日08:13 08:15 西安 09:15 K292/K289 空调快速 成都 16:40 第2日08:32 08:35 上海 05:08 K386/K387 空调快速 成都 18:20 第2日08:40 08:42 沈阳北 10:29 1044 普快 乌鲁木齐 23:46 第3日08:51 08:53 西安 09:53 1210 普快 西宁 20:20 第2日09:00 09:02 西安 10:15 D5082 动车组 宝鸡 09:11 当天09:51 09:52 西安 10:29 K6 空调快速 成都 21:20 第2日11:07 11:09 西安 12:10 K246/K247 空调快速 成都 21:41 第2日11:41 11:44 扬州 06:28 1068 普快 库尔勒 20:20 第3日13:20 13:23 西安 14:24 1148/1149 普快 宝鸡 16:10 当天17:10 17:13 连云港东 10:04 K544/K541 空调快速 乌鲁木齐 09:36 第2日17:43 17:45 重庆北 08:47 K8152 空调快速 宝鸡 16:58 当天17:52 17:54 西安 18:59 K898/K895 快速 宝鸡 17:38 当天18:37 18:39 长沙 14:38 2670 普快 宝鸡 18:38 当天19:35 19:44 太原 09:00 T56 空调特快 宝鸡 19:14 当天20:02 20:10 北京西 09:59

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Ghostscript是一个Postscript解释器，它可以在许多操作系统上运行，如DOS，WINDOWS31，WINDOWS95，WINDOWS NT，MACHINTOSH，UNIX，OS/2，VAX/VMS等。Ghostscript主要有两个功能：
　　1.屏幕输出：可以在屏幕上显示Postscript文件。
　　2 打印输出：可以在非Postscript打印机上打印Postscript文件。
　　现在Ghostscrip的WIN95最新版是5.10版，Ghostscript采用的是命令解释行，使用不太方便。运行Ghostscript后屏幕出现如下所示的命令窗口：
　　GS>_
　　注意这是Ghostscript的窗口提示符，而不是DOS下的提示符。在该提示符下使用有关命令即可。
　　比如输入：
　　GS>(tiger.ps) run
　　就可以在屏幕上显示 tiger.ps 文件。具体的命令你得学习随机提供的用户手册。
　　由于命令解释方式使用不太方便，Ghostscript还提供了一个前端产品：GSVIEW。GSVIEW不能单独运行，必须先安装了 Ghostscript，然后才能运行GSVIEW。GSVIEW的WINDOWS版是标准的WINDOWS程序，使用十分方便，这里介绍最新版 GSVIEW 2.4。
　　下面通过介绍各个菜单项的作用来说明GSVIEW的功能（仅列了最常见的菜单选项）：
　　1.
　　Open:打开一个文件，目前GSVIEW支持的文件格式有：＊.ps,＊.eps,＊.epi,＊.pdf.在文件选择窗口中选中你希望的文件即可在屏幕上阅读文档了。
　　Select :同Open相似，但不显示文件，主要用于在打印文件前先选择一个文件（你可能只想打印文件，对浏览文件不感兴趣）。
　　Extract.. :从当前文档中拷贝几页到一个新的.ps文件中。
　　Close:关闭文档。

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1 二进制(bit)转换为十进制(decimal)
任何进位数制表示的数都可以写成按位权展开的多项式之和。利用位权表示法，整数部分第i位的位权为N(i-1)，而小数部分的位权为N-j。
（１０１１０．０１）２ ＝ １×２^４＋０×２^３＋１×２^２＋１×２^１＋０×２^０＋０×２－１＋１×２－２ ＝
１６＋０＋４＋２＋０＋０＋０．２５＝（２２．２５）１０
其他进制转换为十进制也可以使用这个方法。
2 二进制转换为八进制(octal)
一位八进制数可用三个二进制数来表示。因此二进制数转换成八进制数，只要以小数点为界，向左向右每三位二进制数用一个八进制数来代替即可,不足三位的用０补足。
把一个八进制数转换成二进制数，只要将一位拆分成三位即可。
例：（ ７３４．５２ ）８＝（ １１１０１１１００．１０１０１ ）２
（ ７        ３        ４   ．      ５       ２  ）８
（１１１   １０１   １００  ．   １０１   ０１０ ）２
3 二进制转换为十六进制(hexadecimal)
一位十六进制数可用４个二进制数来表示。因此二进制数转换成十六进制数，只要以小数点为界，向左向右每４位二进制数用一个十六进制数来代替即可,不足４位的用０补足。
把一个十六进制数转换成二进制数，只要将一位拆分成四位即可。
例：（７Ｄ３．Ａ２ ） １６ ＝（ ０１１１１１０１００１１．１０１０００１０ ）２
（   ７           Ｄ        ３     ．       Ａ        ２  ） １６
（ ０１１１   １１０１   ００１１   ．   １０１０   ００１０ ）２
4 十进制转换为二进制
十进制整数转换为二进制整数采用”除2取余，逆序排列”法。具体做法是：用2去除十进制整数，可以得到一个商和余数；再用2去除商，又会得到一个商和余数，如此进行，直到商为零时为止，然后把先得到的余数作为二进制数的低位有效位，后得到的余数作为二进制数的高位有效位，依次排列起来。

十进制小数转换成二进制小数采用”乘2取整，顺序排列”法。具体做法是：用2乘十进制小数，可以得到积，将积的整数部分取出，再用2乘余下的小数部分，又得到一个积，再将积的整数部分取出，如此进行，直到积中的小数部分为零，或者达到所要求的精度为止。

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数制的特点
２．１ 基数
在一种进位数制中，只能使用一组固定的数字符号来表示成千上万个数。我们称这组数字的个数为基数。例如：
二进制的基数为２，即它由两个数（０，１）组成 ；
八进制的基数为８，即它由８个数（０，１，２，３，４，５，６，７）组成；
十进制的基数为１０，即它由１０个数（０，１，２，３，４，５，６，７，８，９）组成；
十六进制的基数为１６，即它由１６个数（０，１，２，３，４，５，６，７，８，９，Ａ,Ｂ,Ｃ,Ｄ,Ｅ,Ｆ）组成。
２．２ 逢Ｎ进一
设Ｎ为基数。则二进制数“逢二进一”，八进制数“逢八进一”，……，依此类推。
例如：十进制数２，用二进制表示为１０；十进制数８，用八进制表示为１０；十进制数１７用十六进制表示为１０等等。
２．３ 位权表示法
对于多位数，处于某一位上的“１”所表示的数值的大小，称为该位的位权。任何进位数制表示的数都可以写成按位权展开的多项式之和。
例如：十进制数１ ３５６．８２＝１×１０３＋３×１０２＋５×１０１＋６×１００＋８×１０－１＋２×１０－２
从上式可以看出从小数点左边起，个位数的位权为１００，十位数的位权为１０１，百位数的位权为１０２，……，依此类推。位权的值恰好是基数的若干次幂。一般情况下，对于Ｎ进制数，整数部分第ｉ位的位权为Ｎ ｉ－１，而小数部分第ｊ位的位权为Ｎ－ｊ。
３ 数制之间的转换
在数制运算中，必须指明该数是什么数制的数。例如：（１１０１）２，（１１０１）８，（１１０１）１０，（１１０１）１６所代表的数是不一样的，在这里我们用下标进行区别。另外还可以用字母进行区分：Ｂ代表二进制，Ｏ代表八进制，Ｄ代表十进制，Ｈ代表十六进制。例如１０１１０Ｂ，１５５Ｏ，２８８Ｄ，３ＣＨ等。注意字母必须放在数的最后。
3.1 二进制和八进制及十六进制数转换成十进制数
转换方法是将非十进制的数按位权展开求和。

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在一种进位数制中，只能使用一组固定的数字符号来表示成千上万个数。我们称这组数字的个数为基数。例如：
二进制的基数为２，即它由两个数（０，１）组成 ；
十六进制：   0×12 
十进制：   18  
18=1*2^4+0*2^3+0*2^2+1*2^1+0*2^0 
所以是:10010
八进制的基数为８，即它由８个数（０，１，２，３，４，５，６，７）组成；
如：Octal 010 = 8
int five = 06; // 等于十进制 6
int seven = 07; // 等于十进制 7
int eight = 010; // 等于十进制 8
int nine = 011; // 等于十进制 9
十进制的基数为10，即它由10个数（０，１，２，３，４，５，６，７，８，９）组成；
十六进制的基数为16，即它由16个数（０，１，２，３，４，５，６，７，８，９，Ａ,Ｂ,Ｃ,Ｄ,Ｅ,Ｆ）组成。
十进制    十六进制
0        0×0
9        0×9
10        0xa
11        0xb
15        0xf
16        0×10
17        0×11

Converting numbers from binary to decimal and vice versa is pretty easy to do for positive numbers, as long as you have a pencil and paper handy (which will be supplied for the exam). But what about negative numbers? These are a little more complicated to convert, and for this reason the exam adheres to using simple positive binary numbers. But for your own knowledge, let’s examine how Java handles number conversions.

You might be wondering why the number –1 is stored as 1111 1111 1111 1111 1111 1111 1111 1111 in binary. In Java and in most systems, negative numbers are stored using the 2’s complement of the number. To take the 2’s complement for a number, first you look at the most significant bit (MSB). The MSB is the leftmost bit in a binary representation of a number (see the following example). If the MSB is 0 then the number is positive, and if it’s 1 then the number is negative. If the number is positive, then the other 31 bits are the binary representation of the positive number. If the number is negative then to get its value, you have to take the rest of the bits and take their complement by “flipping” each bit and then adding 1. So if you look at the signed binary number :

1111 1111 1111 1111 1111 1111 1111 1111
^ most significant bit (MSB)

The most significant bit is 1, so you know it’s a negative number. To figure out the actual number, you complement the other 31 bits by flipping them. So you get the following:

1000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000

You then add 1 to get the 2’s complement, so your final number is 1.

1000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0001

Now you know why the bit pattern 1111 1111 1111 1111 1111 1111 1111 1111 represents -1. You might ask why go through so much trouble representing negative numbers? The reason for this is that most logic circuits can readily add two binary numbers. The subtraction operation is equivalent to adding a binary number and the 2’s complement of the other number. Therefore, 2’s complement not only enables storage of positive and negative integers but also enables both addition and subtraction

—Harold Cabrera B.Sc. Comp. Eng., Java Certified Programmer