沈红斌同志出生于1979年8月，长期致力于模式识别、数据挖掘以及生物信息学的研究，一篇研究论文发表在Nature杂志《Nature Protocols》上，在其他国际/国内著名期刊《Bioinformatics》、《Journal of proteome research》、《Biochemical and Biophysical research communications》、《计算机学报》、《软件学报》等上发表学术论文40余篇（含两篇国际期刊综述文章），被SCI收录 34篇，EI收录10篇；SCI 影响因子累计逾90，单篇影响因子6.0以上的论文4篇；共被SCI他人引用221余次，单篇被他人SCI引用超过20次的论文5篇，多篇论文被《Developmental Cell》等国际顶级期刊论文所引用；一篇论文被选作国际著名期刊《Journal of Cellular Biochemistry》封面论文。该同志受邀为国际期刊《Expert Review of Proteomics》撰写综述文章。该同志的文章 “Nuc-PLoc: A new web-server for predicting protein subnuclear localization by fusing PseAA composition and PsePSSM”以及“Review: Recent progresses in protein subcellular location prediction”分别被选为杂志《Protein Engineering, Design and Selection》2007年11月份以及《Analytical Biochemistry》2007年7月-9月最受关注的论文。

沈红斌担任国际期刊《Journal of Biomedical Science and Engineering》编委，长期担任如IEEE Trans. On SMC (part B)，Bioinformatics等18个国内外期刊的审稿专家，担任BIBE07国际学术会议组委会成员。该同志获得2005年度江苏省百篇优秀硕士论文奖，2005年国家优秀奖奖学金，2006年“中国惠普优秀学生奖学金（特别优秀奖）”，2006年上海市、上海交通大学“三好学生”，2007年度上海交通大学优秀毕业研究生等荣誉。2007年1月，受哈佛大学医学院邀请，沈红斌同志赴美从事“基于智能计算的膜蛋白结构分析”等方面的研究。该同志在研究过程中建立了10余个生物信息科学服务网站，在国际上引起了广泛的注意，累计在线服务20,000余次。

研究兴趣

生物信息学、结构生物学、数据挖掘、模式识别、药物辅助设计

研究经历

1997.9-2001.7: 华东船舶工业学院计算机系，学士

2001.9-2004.3: 华东船舶工业学院计算机系，硕士

2004.3-2006.11：上海交通大学图像处理与模式识别研究所，博士；

2004.5-2005.9： Philips东亚研究实验室（上海）访问学者；

2007.1-2008.2： 哈佛大学医学院博士后

2008.2-至今： 上海交通大学副教授（破格晋升）

基金

· 作为项目负责人主持国家自然科学基金项目(60704047)：“基于智能计算和推理的膜蛋白三维结构建模研究” (2008.01-2010.12)；

· 作为主要人员参加若干国家自然科学基金等项目,美国NIH膜蛋白结构研究等项目的研究

学术兼职

1. 国际/国内期刊审稿专家：IEEE Trans. On SMC (part B); Soft Computing; Bioinformatics; BMC Bioinformatics; Medicinal Chemistry; Journal of Theoretical Biology; BioPharm International; Journal of Biomolecular Structure & Dynamics; EXCLI Journal; 系统仿真学报; 计算机应用; BBA – Proteins and Proteomics; Amino Acids; Digital Signal Processing; Current Medicinal Chemistry; Physica A; Optical Engineering; Human Mutation; Journal of Computational Chemistry

2. 国际期刊《Journal of Biomedical Science and Engineering》编委

3. BIBE07 国际学术会议组委会成员

获奖

1. 江苏省百篇优秀硕士论文 (2005)

2. 江苏省优秀研究生会主席 (2004)

3. 上海市三好学生 (2005)

4. 国家优秀奖学金 (2005)

5. 中国惠普优秀学生奖学金（特别优秀奖）(2006)

6. 上海交通大学优秀毕业生（2007）

发表文章 (2004-present)

l 国际期刊论文

（1） Kuo-Chen Chou, Hong-Bin Shen*, “Cell-PLoc: A package of web-servers for predicting subcellular localization of proteins in various organisms”, Nature Protocols, 2008, 3:153-162 (*: Corresponding author, SCI)

（2） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “Ensemble classifier for protein fold pattern recognition”. Bioinformatics, 2006, 22:1717-1722.（SCI，IF＝6.019, 被SCI他人引用16次）

（3） Hong-Bin Shen, Jie Yang, Kuo-Chen Chou: Methodology development for predicting subcellular localization of proteins and their other attributes, Expert Review of Proteomics, 2007, 4:453-463. (Invited Review, SCI, IF=2.991).

（4） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “EzyPred: A top–down approach for predicting enzyme functional classes and subclasses”, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2007, 364:53-9 (SCI, IF=3.0)

（5） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “Nuc-PLoc: A new web-server for predicting protein subnuclear localization by fusing PseAA composition and PsePSSM”, Protein Engineering, Design and Selection. 2007, 20:561-7 (SCI，IF= 3.0,该文是2007年11月份受关注最多的论文之一)

（6） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “PseAAC: a flexible web-server for generating various kinds of protein pseudo amino acid composition”, Analytical Biochemistry, 2008, 373: 386-388.(SCI, IF=2.948)

（7） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “HIVcleave: a web-server for predicting HIV protease cleavage sites in proteins”, Analytical Biochemistry, 2008, 375: 388-390.(SCI, IF=2.948)

（8） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “Signal-3L: a 3-layer approach for predicting signal peptides”, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2007, 363:297-303. (SCI，IF= 2.855)

（9） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “Hum-mPLoc: an ensemble classifier for large-scale human protein subcellular location prediction by incorporating samples with multiple sites”, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2007, 355:1006-11. (SCI, IF=3.0, 被SCI他人引用9次)

（10） Hong-Bin Shen, Jie Yang, Xiao-Jun Liu, Kuo-Chen Chou: “Using Supervised Fuzzy Clustering to Predict Protein Structural Classes”. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2005, 334: 577-581.（SCI，IF=3.0，被SCI他人引用27次）

（11） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “Using optimized evidence theoretic K-nearest neighbor classifier and pseudo-amino acid composition to predict membrane protein types”. Biochemical and Biophysical research communications, 2005, 334: 288-292.（SCI，IF=3.0，被SCI他人引用27次）

（12） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “Predicting protein subnuclear location with optimized evidence theoretic K-nearest classifier and pseudo amino acid composition”. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2005, 337: 752-756.（SCI，IF=3.0, 被SCI他人引用26次）

（13） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “Virus-PLoc: a fusion classifier for predicting the subcellular localization of viral proteins within host and virus-infected cells.” Biopolymers. 2006, 85:233-240 (SCI，IF=2.545，被SCI他人引用5次)

（14） Hong-Bin Shen, Jie Yang, Shitong Wang: “Attribute Weighted Mercer Kernel based Fuzzy Clustering Algorithm for General Non-Spherical Datasets”, Soft Computing, 2006, 10: 1061-1073.（SCI, IF=0.516，被SCI他人引用2次）

（15） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “Gpos-PLoc: an ensemble classifier for predicting subcellular localization of Gram-positive bacterial proteins”. Protein Engineering, Design and Selection. 2007, 20(1):39-46. (SCI，IF=2.664，被SCI他人引用6次)

（16） Hong-Bin Shen, Jie Yang, Kuo-Chen Chou: “Fuzzy KNN for Predicting Membrane Protein Types from Pseudo Amino Acid Composition”. Journal of Theoretical Biology, 2006, 240: 9-13.（SCI，IF=1.959，被SCI他人引用9次）

（17） Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “Using Ensemble Classifier to Identify Membrane Protein Types”. Amino Acids. 2007, 32(4):483-8.（SCI，IF=2.172，被SCI他人引用1次）

（18） Hong-Bin Shen, Jie Yang, Kuo-Chen Chou: “Euk-PLoc: an ensemble classifier for large-scale eukaryotic protein subcellular location prediction”. Amino Acids, 2007, 33:57-67.（SCI，IF=2.172，被SCI他人引用2次）

（19） Hong-Bin Shen, Jie Yang et.al: “Performing clustering analysis on collaborative models”, Intelligent Data Analysis, 2005, 9: 419-438. (SCI)

（20） Kuo-Chen Chou, Hong-Bin Shen. Review: Recent progresses in protein subcellular location prediction. Analytical Biochemistry, 2007, 370:1-16 (SCI, IF=2.948，被SCI引用2次，该文是2007年7月-9月份最受关注的论文之一)

（21） Kuo-Chen Chou, Hong-Bin Shen, MemType-2L: A Web server for predicting membrane proteins and their types by incorporating evolution information through Pse-PSSM, Biochem Biophys Res Commun, 2007, 360:339-345 (SCI, IF=2.855，被SCI他人引用3次)

（22） Kuo-Chen Chou, Hong-Bin Shen: "Euk-mPLoc: A Fusion Classifier for Large-Scale Eukaryotic Protein Subcellular Location Prediction by Incorporating multiple sites", Journal of proteome research, 2007, 6:1728-1734 （SCI，IF＝6.901，被SCI他人引用7次）

（23） Kuo-Chen Chou, Hong-Bin Shen: “Large-Scale Plant Protein Subcellular Location Prediction”. Journal of Cellular Biochemistry, 2007,100:665-78.（SCI，IF=3.591，JCB当期杂志封面论文，被SCI他人引用10次）

（24） Kuo-Chen Chou, Hong-Bin Shen: “Predicting Eukaryotic Protein Subcellular Location by Fusing Optimized Evidence-Theoretic K-Nearest Neighbor Classifiers”. Journal of Proteome Research, 2006, 5:1888-1897. （SCI，IF=6.901, 被SCI他人引用20次）

（25） Kuo-Chen Chou, Hong-Bin Shen: “Large-scale predictions of Gram-negative bacterial protein subcellular locations”. Journal of Proteome Research, 2006 Dec;5:3420-8. (SCI，IF=6.901，被SCI他人引用9次)

（26） Kuo-Chen Chou, Hong-Bin Shen: "Signal-CF: a subsite-coupled and window-fusing approach for predicting signal peptides", Biochemical and Biophysical Research Communications, 2007 357:633-40 (SCI, IF=3.0，被SCI他人引用8次)

（27） Kuo-Chen Chou, Hong-Bin Shen: “Hum-PLoc: A novel ensemble classifier for predicting human protein subcellular localization”. Biochemical and Biophysical Research Communications. 2006,347: 150-157.（SCI，IF=3.0，被SCI他人引用20次）

（28） Kuo-Chen Chou, Hong-Bin Shen: “Predicting protein subcellular location by fusing multiple classifiers”. Journal of Cellular Biochemistry, 2006,99:517-527.（SCI，IF=3.591，被SCI他人引用12次）

（29） Dan-Qin Liu, Hui Liu, Hong-Bin Shen, Jie Yang, Kuo-Chen Chou: “Predicting secretory protein signal sequence cleavage sites by fusing the marks of global alignments”. Amino Acids. 2007, 32:493-6.（SCI，IF=2.172）

（30） Hui Liu, Jie Yang, Dan-Qin Liu, Hong-Bin Shen, Kuo-Chen Chou: “Using a new alignment kernel function to identify secretory proteins”, Protein & Peptide Letters. 2007;14:203-8 (SCI, IF=1.130, 被SCI他人引用1次)

（31） Shi-Tong Wang, Chung, F.L., Hong-Bin Shen: “Cascaded centralized TSK fuzzy system: universal approximator and high interpretation”, Applied Soft Computing, 2005, 5: 131-145. (SCI, IF=0.849，被SCI他人引用1次)

（32） Shi-Tong Wang, Chung, K.F., Hong-Bin Shen: “Note on the relationship between probabilistic and fuzzy clustering”, Soft Computing, 2004, 8: 366-369. (SCI, IF=0.591)

l 国际会议论文

（1） Hong-Bin Shen, Shi-Tong Wang, Jie Yang: “Fuzzy Taxonomic, Quantitative Database and Mining Generalized Association Rules”. International Conference on RSCTC’04, Uppsala Sweden, Lecture Notes on Computer Science, 2004, 3066:610-617.（SCI、EI）

（2） Hong-Bin Shen, Jie Yang, Shi-Tong Wang: “Outlier Detecting in Fuzzy Switching Regression Models”. International Conference on Artificial Intelligence: Methodology, Systems, and Applications, Lecture Notes on Artificial Intelligence, 2004, 3192:208-215.（SCI、EI, 被SCI他人引用1次）

l 中文期刊论文

（1） 沈红斌, 杨杰, 王士同: “基于信息理论的合作聚类算法研究”. 计算机学报, 2005, No.8: 1287-1294.（EI）

（2） 沈红斌, 王士同, 吴小俊. 离群模糊核聚类算法, 软件学报 2004, 5(7):1021-1029.（EI）

（3） 沈红斌. 王士同. 从Fuzzy Taxonomic数值型数据库中挖掘一般化关联规则 计算机研究与发展, 2003, Vol.40 No.10 P.1436-1443

（4） 沈红斌, 杨杰: “采样定理，视觉原理及无监督聚类分析理论”. 上海交通大学学报, 2005, No.5: 544-548.（EI）

（5） 沈红斌, 杨杰: “基于模糊信息增益的图像相关性度量”. 上海交通大学学报, 2006, No.3: 466-470.（EI）

（6） 沈红斌，范新南，吴小俊：“基于模糊层次数值型数据库发现一般化模糊关联规则”，江苏科技大学学报，2006，No.5: 53-57

（7） 范新南, 沈红斌, 陈学忠: “特征空间属性加权模糊核聚类算法”. 计算机应用 2006 Vol.26 No.8 P.1888-1889

（8） 何虎翼，姚莉秀，沈红斌: “一种新的子空间聚类算法”. 上海交通大学学报，2007年第5期，No.5:577

（9） 陈雷，杨杰，沈红斌: “基于加速度信号的多层分类器动作识别”. 上海交通大学学报（已录用，EI）

（10）薛丽, 姚莉秀, 沈红斌: “对不完整基因表达序列的无监督模糊谱聚类”. 生物医学工程学杂志（已录用，EI）

（11）刘小军，杨杰，凌建国，沈红斌，”一种增量符号相关的景象匹配方法”.红外与激光工程，2006年06期 (EI）

（12）刘小军，周越，凌建国，沈红斌，杨杰，”基于轮廓特征的SAR图像自动配准”. 计算机工程, 2007 Vol.33 No.4 P.176-178

柳小波, 杨杰, 陈宁江, 沈红斌: “无线传感器网络及智能环境控制”.